Доброго времени суток,
Вам нужно использовать команды асинхронной внешней оси, capling and decapling.
Т.е. отключаете программно, обнуляете и работаете дальше.
Пример навскидку
http://www.robot-forum.com/robotforu...external-axis/
Более подробно см. документацию.